Ngày 1 tháng 1 năm 1936, theo đề xuất của bác sĩ Alexandre Yersin, chính quyền Pháp quyết định thành lập Viện Pasteur Đà Lạt, cơ sở cuối cùng trong chuỗi các Viện Pasteur tại Đông Dương.[1] Bác sĩ Alexandre Yersin cũng chính là người đã thành lập Viện Pasteur Nha Trang vào năm 1895 và Viện Pasteur Hà Nội năm 1920.[2] Viện Pasteur Đà Lạt khi đó có nhiệm vụ nghiên cứu các bệnh nhiệt đới, làm một số xét nghiệm y tế phục vụ việc bảo vệ sức khỏe cho con người, sản xuất những chế phẩm sinh học cung cấp cho Viện Pasteur Sài Gòn và kiểm nghiệm nước uống cho địa phương. Viện Pasteur Đà Lạt còn thành lập một khu trồng cây canh ki na tại xã Xuân Thọ để khảo nghiệm và sản xuất ký ninh. Trước năm 1975, Viện Pasteur Đà Lạt là một trong những cơ sở sản xuất thuốc chủng ngừa lớn nhất Đông Nam Á, vì vậy đôi khi viện còn sản xuất thuốc chủng cho một vài quốc gia khác trong khu vực.[3]

Sau năm 1975, Bộ Y tế Việt Nam quyết định thành lập Trung tâm nghiên cứu và sản xuất vaccine quốc gia dựa trên ba cơ sở: Viện Pasteur Đà Lạt, Phòng sản xuất của Viện Pasteur Nha Trang và Phòng sản xuất vaccine của Viện vệ sinh dịch tễ Hà Nội. Đến năm 1982, Viện Pasteur Đà Lạt được đổi lại thành Phân viện vaccine Đà Lạt, và từ năm 1986 trở thành cơ sở hai của Viện vaccine quốc gia đóng tại Nha Trang.[4] Năm 2004, Phân viện Vaccine Đà Lạt được Chính phủ Việt Nam đầu tư hơn 5 triệu đô la để xây dựng và lắp đặt một nhà máy sản xuất vaccine hiện đại có công suất thiết kế 6 triệu liều/năm, sản xuất các chủng loại vaccine thế hệ mới theo công nghệ lên men của Hoa Kỳ. Từ năm 2008, Bộ Y tế quyết định chuyển Phân viện Vaccine Đà Lạt thành Công ty Vaccine Pasteur Đà Lạt, một đơn vị hạch toán kinh tế tự chủ trực thuộc Bộ Y tế.[5]